個人差はありますが、アルコールは場合によっては皮膚への刺激となる可能性があります。
ご質問の場合は、おそらくはご本人はアルコールに対して
やや過敏な皮膚をお持ちなのだと思います。
消毒用アルコールと化粧水に含まれるアルコールでは、
濃度が違いすぎる為（消毒用の方が濃いのは言うまでもありませんが）、
現在症状が出ていないのであれば、化粧水の使用継続は可能だと思います。
ただし、知らないうちに乾燥が進んでしまうと、乾燥した皮膚は過敏性が極度に増しますので、
化粧水のアルコールでも刺激となり、ヒリヒリしたり顔が赤くなったりすることがありますので、
注意が必要です。